Tal y como recogen los estatutos de la fundación en su artículo 6, la Fundación se constituyó al objeto de fomentar la cooperación transfronteriza, transnacional e interregional realizando y gestionando, en una perspectiva de desarrollo sostenible, los proyectos y las acciones de cooperación territorial que resulten de interés para Aragón, dentro de sus ámbitos competenciales, con la finalidad de reforzar la cohesión económica y social.

La creación de la Fundación Transpirenaica responde a la necesidad de un enfoque coordinado y estratégico para abordar los desafíos y oportunidades que enfrenta Aragón en el contexto europeo y transfronterizo.